不同的影像学检查各有优势，从最适合疾病检查的角度，以及经济负担、检查的难易度和检查时以及经济负担、检查的难易度和检查时间的长短等考虑，一般情况下临床医生会根据您的病情为您选择一个合适您病情的检查。有时候一种检查完成后还不能得到可靠、明确的诊断，也可以采用其他检查补充，这是在看病的时候经常遇见的情况。特别是在病情复杂的情况下，或者是一些重大的疾病，往往需要多种检查来互相印证，综合分析、诊断，其目的是为了给您一个最可靠、最准确的诊断结果。
（1）骨折：首选DR（数字X线摄影），费用较低、检查方便、时间短；进一步检查以及指导手术选择做CT并同时加做三维成像。
（2）骨折后复查：首选DR，最适合观察骨折的愈合情况以及是否有骨痂生长。一般，骨折后复查不必采用CT检查。
（3）关节：关节和脊柱等的骨质退变（老化）首选DR，也可选择CT，但DR相对廉价，而CT则可以附带看一些软组织的变化情况；而关节炎、关节肌肉、韧带损伤涉及神经、肌肉的疾病首选MR（磁共振），当然也可选择超声检查，相对而言超声检查方便、价格低廉。
（4）骨骼肿瘤：首选CT检查，根据病情情况也可以选择MR检查，当然如无CT、MR设备的情况下，DR摄片也可以发现很多问题。
（1）中枢神经系统主要包括：颅脑、脑干和脊髓神经。一般而言，涉及中枢神经的疾病比较适合MR的检查，但也并非其他影像设备完全不能用于中枢神经的检查。
（2）脑血管：可选择MR血管成像，或CT血管造影；如需同时做治疗则选DSA（数字减影血管造影X线检查）。
（3）脑出血：选择CT或MR。
（4）脑梗：早期脑梗首选MR，非早期脑梗或陈旧性脑梗，MR和CT均可。
（5）脑炎和脑膜炎：MR和CT。
（6）脑肿瘤：CT和MR增强扫描。
（7）脊髓病变或脊柱病变影响到脊髓：首选MR，有时CT检查对疾病的确诊也有帮助。
肺和气管：一般而言，肺部检查DR和CT都是一个较好的选择，而MR在这方面是弱项。由于CT相比DR摄片在价格和辐射方面都要高一些，如只是怀疑肺部有无炎症，或是年龄小于40岁的体检等，则可选DR；如需排除肺部的早期肿瘤，或发现异常需要进一步确诊者，可选择CT；如是怀疑有胸水或需抽吸胸水，则超声有更大的优势。
（1）食管：食管病变首选X线吞钡造影检查，CT也可以观察食管病变，但一般不作为首选项，其他如需进一步检查还可以采用食管镜等。
（2）胃和小肠：目前，针对胃疾病的检查，临床医生都首选胃镜，但在胃镜未在临床应用之前，X线的钡餐胃肠造影曾经是胃肠检查的主力*；另外，CT现在也能做胃的检查，但检查方法和程序稍麻烦一点。
（3）结肠：结肠与胃肠检查一样，临床医师的首选一般是肠镜，但X线的钡剂灌肠也曾是结肠检查的不二之选。另外，CT也能做结肠检查，与肠镜不同之处是CT检查还能观察肠腔外周围脏器的情况。
（4）肝、胆、胰、脾：这些部位的可选检查方式较多，常规的检查或一般体检首选是超声检查；当然CT、MR在这些部分也有较强的应用指证，能分辨和确诊有时超声无法确定的实质性肿瘤和血管瘤，但相比CT、MR检查较费时、费用较高且CT还有辐射的损伤；X线摄影在腹部软组织脏器的检查中没有优势。
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